Висшите учебни заведения (vysoké koly) и висшите професионални училища (vy odborné koly) предоставят висше образование. Законът за образованието урежда финансирането на висши професионални училища, докато Законът за висшето образование урежда финансирането на висши учебни заведения.
Професионални училища на висше ниво
Законът за образованието осигурява финансиране за висши професионални училища (vy odborné koly). В раздела Финансиране на образованието в ранна детска възраст и училищно образование са очертани концепциите за финансиране. Учениците в тези училища допринасят за разходите по определени начини (за подробности вижте Висшите професионални училища в раздела за таксите).
Законът за висшето образование установява основните принципи за подпомагане на висшите учебни заведения (vysoké koly). Част втора от този закон излага принципите за финансиране на държавни висши учебни заведения, част трета излага принципите за финансиране на частни висши учебни заведения, а част шестнадесета излага принципите за финансиране на държавни висши учебни заведения.
Държавният бюджет, т.е. финансовите средства на централните организации, които управляват съответните институции, се използва за подпомагане на държавните висши учебни заведения (Университетът по отбрана предимно от Министерството на отбраната, Полицейската академия от Министерството на вътрешните работи). Законът за висшето образование позволява да се предоставят средства на военен университет и Министерството на образованието, младежта и спорта при посочените по-горе ситуации. Тази клауза се прилага за студенти по сигурността, които не служат в армията. Законът за висшето образование определя и отговорностите на Министерството на отбраната и МВР за държавните университети. По отношение на парите, те включват разпределението на ресурсите от държавния бюджет, както и надзора за законност и ефективност при управлението на ресурсите. Освен това тези министерства, например, определят размера на таксите, които се начисляват в съответните институции.
Правно лице, получило разрешение да функционира като частно висше учебно заведение, е длъжно да набира средства за своята образователна, научна, изследователска, развойна, художествена или друга творческа дейност. Министерството на образованието, младежта и спорта може да предлага средства на частни висши училища за видовете стипендии, описани в раздела за частното образование (вижте Висшите учебни заведения).
Финансирането на държавните висши учебни заведения се извлича от различни източници, както е посочено в този раздел. Държавният бюджет е основният източник на приходи (около 70% от годишните приходи на държавните висши учебни заведения) (Глава на Министерството на образованието, младежта и спорта). Други ресурси включват средства от други държавни източници (държавни фондове, Националния фонд, регионални и местни бюджети), печалби от спомагателни дейности, такси за обучение, възвръщаемост на имущество, подаръци и завещания.
Бюджетите за държавните висши учебни заведения трябва да бъдат балансирани. В края на всяка календарна година се приключва окончателният разчет с държавния бюджет и финансовият одит, като констатациите се представят на Министерството на образованието, младежта и спорта (за мониторинг на управлението на висшите учебни заведения вж. Акредитация и външно оценяване в глава 11).